В Кыргызстане грамотное управление водными ресурсами для обеспечения надежного водоснабжения очень важно.
Наряду с выработкой энергии водные ресурсы используются для ирригации, промышленного и бытового водоснабжения. Многие из этих видов использования создают нагрузку на водные ресурсы, а потому поддержание водной безопасности является ключевым приоритетом для сельского малоимущего населения, большая часть которого занята в сельскохозяйственном секторе.
Повышение среднегодовой температуры повлияет на ледниковый покров и сопутствующий сток поверхностной воды, что, в свою очередь, затронет другие сектора, такие как сельское хозяйство, энергетика и муниципальное водоснабжение. Последствиями этого станут уменьшение поверхностного стока воды и существенное влияние на его внутригодовое распределение, например, уменьшение летнего максимального стока и его сдвиг на более ранний период в году. Крайне важен тот факт, что сроки наступления «переломного момента» (максимального расхода воды) в ледниковом стоке остаются неизвестными. Возможно, он уже наступил в Кыргызской Республике (т.е., сток уже может уменьшаться), или может наступить в ближайшие несколько десятилетий, или в более позднем периоде столетия.
При пессимистичном сценарии изменения климата ежегодное уменьшение объема осадков на 5%приведет к тому, что сток может уменьшиться примерно на 40%. Сельское хозяйство, в котором в целях ирригации используется 92-96% всей воды, относится к секторам, подверженным наибольшему риску, с последующим влиянием на здравоохранение, продовольственную безопасность и народное хозяйство.
Продолжающееся таяние ледников и уменьшение таяния снега, как ожидается, усилят напряженность в области водных и энергетических ресурсов в Центральной Азии. Ключевые речные бассейны в регионе, такие как Амударья и Сырдарья, имеют большое значение для экономических систем многих стран, поскольку они снабжают водой обширные пространства пахотных земель и вырабатывают большую часть гидроэлектроэнергии. В настоящее время отмечается противоречие между летними ирригационными потребностями стран в нижнем течении (Казахстан, Туркменистан и Узбекистан) и зимними энергетическими потребностями стран в верхнем течении (Афганистан, Кыргызская Республика и Таджикистан).
Все вышеперечисленное делает водное хозяйство как наиболее уязвимый сектор для воздействия изменения климата. Как ожидается, эти изменения будут иметь многочисленные негативные последствия для ряда секторов. В связи с этим данный сектор признан в «Приоритетных направлениях по адаптации к изменению климата в Кыргызской Республике » одним из приоритетов в области адаптации в стране.